L'idée du réseau de Jerne est que les lymphocytes et les immunoglobulines (c'est à dire les cellules et les macromolécules du système immunitaire) intéragissent entre eux suivant les même mécanismes, la reconnaissance moléculaire, qu'avec les antigènes (les corps reconnus par le système immunitaire). Une réponse du système immunitaire à la présentation d'un antigène s'interprète dans ce cadre comme un attracteur de la dynamique d'un réseau d'espèces moléculaires et cellulaires en interaction. (Immunology for physicists)
L'émergence et la stabilité du mutualisme constituent un paradoxe par rapport à un principe de sélection individuelle des espèces: dans la mesure où le don de nourriture est coûteux pour le donneur, on s'attendrait à ce que le donneur soit désavantagé par rapport à une espèce parasite qui ne restituerait aucun bienfait en échange de ceux qu'elle reçoit. En fait les processus de reconnaissance moléculaire permettent la discrimination entre parasites et mutualistes, et jouent un role fondamental dans le maintien des associations mutualistes ainsi que nous le montrons dans deux articles.