Laboratoire de Physique Statistique - UMR 8550

Séquençage mécanique de l'ADN

2012-03-20T16:35:56Z

Le séquençage de l'ADN apparait comme un enjeu majeur de l'ère post-génomique. Dans ce travail, issu d'une collaboration entre une équipe à l'Ecole Normale Supérieure (UMR8550) et celle de S.J. Benkovic à l'université de Penn State aux USA, des preuves de concept d'une plateforme molécule unique permettant l'identification et de séquençage de l'ADN sont présentées. A la différence de la plus part des méthodes actuelles, cette approche en molécule unique n'a pas besoin d'amplifier l'ADN et de plus, elle n'utilise pas de nucléotides fluorescents chers et source d'erreur.

Description de la figure :

Schéma de principe de la méthode : a) une molécule d'ADN (en bleu) est assemblée en une épingle à cheveux en lui associant une boucle à une extrémité et une fourche à l'autre extrémité. Les bras de cette fourche permettent de l'attacher à une bille magnétique et à la surface de l'échantillon. b) En approchant des aimants de la bille, on exerce une force qui lorsqu'elle excède 15pN, dégrafe l'ADN, ouvrant complètement l'épingle à cheveux. Dans cet état ouvert, l'extension de la molécule est maximale et des oligo-nucléotides (marron, violet et rose) peuvent s'hybrider à l'ADN ouvert. En écartant les aimants, on relâche la force et l'épingle se referme comme une fermeture éclair conduisant à une diminution rapide de l'extension. Mais les oligo-nucléotides hybridés bloquent la fermeture de la molécule de façon transitoire provoquant les pauses (iii, iv, v) avant que la molécule ne se referme complètement (vi). La position de ces blocages permet de localiser les séquences complémentaires aux oligo-nucléotides.

Les deux groupes ont mis au point une technique qui permet de mesurer l'extension d'une molécule d'ADN formant une épingle à cheveux avec une résolution spatiale proche d'une seule base, soit une fraction de nanomètre. En appliquant une force sur cette épingle d'ADN, grâce à une bille magnétique attachée à l'un de ses bras tandis que le second est attaché à la surface de l'échantillon, il est possible d'ouvrir l'épingle et dégrafer l'ADN, comme une fermeture éclair. Une fois la molécule ouverte, celle-ci peut s'hybrider avec de très courtes séquences d'ADN, des oligo-nucléotides, complémentaires mis en solution. Ceux-ci vont bloquer de façon transitoire la fermeture de la molécule quand la force est réduite. En mesurant l'extension de la molécule lors de ces blocages, il est possible de déterminer la position de ces hybridations le long de la. Cette approche peut être utilisée pour identifier un fragment d'ADN avec une séquence connue au sein d'un mélange de différents fragments et pour séquencer une molécule d'ADN soit par hybridation soit par ligation.

Ces travaux sont parus dans Nature Methods : Nature Methods doi:10.1038/nmeth.1925

Communiqué de presse du CNRS

Poste de Maître de Conférence ENS-Matière condensée ou diluée, physique quantique

Xavier LEYRONAS — 2012-01-16T15:41:15Z

Poste de Maître de Conférence ENS Libellé court : Matière condensée ou diluée, physique quantique Sections CNU : 28eme, 30ème Comité de sélection de 12 membres

Profil recherche :

La physique quantique, qu'elle s'intéresse à la matière condensée ou à la matière diluée, est un domaine dans lequel excellent de nombreuses équipes expérimentales et théoriques du Département de Physique de l'ENS. Les recherches menées explorent les propriétés fondamentales de systèmes variés : atomes, photons, ions, spins, dispositifs supraconducteurs et semiconducteurs, nanotubes de carbone, graphène, liquides et gaz quantiques,systèmes fortement corrélés... Il s'agit souvent d'explorer les frontières de la physique quantique dans les domaines de la communication, de l'information ou de la mesure. Dans de nombreux cas, ces recherches permettant des confrontations fructueuses entre expérience, théorie et simulation numérique. Afin de développer ces activités et pour garder son rôle pionnier dans le domaine dans un environnement international très compétitif, le Département de Physique de l'ENS souhaite recruter un Maître de Conférences qui développera un projet de recherche original expérimental ou théorique dans l'une des équipes concernées par ces thématiques.

Profil enseignement :

La personne recrutée pourra intervenir dans tous les enseignements théoriques et expérimentaux dispensés au Département (Formation Interuniversitaire de Physique, Agrégation, Master International).

32e journées de physique statistique

2012-01-16T13:53:10Z

Journées de Physique Statistique 2012 Paris 26-27 Janvier 2012

La trente-deuxième rencontre de physique statistique de Paris se tiendra comme les années précédentes à l'Ecole Supérieure de Physique et Chimie de Paris, 10 rue Vauquelin, Paris 5ème, bâtiment N, dernier étage.

Elle est organisée par : · E. Clément (ESPCI-Paris) · B. Derrida (ENS-Paris) · H. Herrmann (ETH Zurich) · J.M. Luck (IPhT, CEA Saclay) · E. Trizac (LPTMS-Orsay)

Cette année il y aura 8 conférences invitées. · Clemens Bechinger (Univ. Stuttgart) : "Observation of kinks and antikinks in colloidal monolayers driven across ordered surfaces" · Nicolas Brunel (Univ. Descartes, Paris) : “Rapidité du transfert d'information par les neurones du cortex“ · Yoel Forterre (IUSTI, Marseille) : "Physique des mouvements rapides chez les plantes" · Jesper Jacobsen (LPTENS, Paris) : "Comportement critique des parois fines et épaisses dans le modèle de Potts bidimensionnel" · Kirone Mallick (IPhT, CEA Saclay) : "Grandes déviations du courant dans le processus d'exclusion" · Elie Raphael (ESPCI, Paris) : "Orbes à la surface de l'eau" · Stefano Ruffo (Univ. Florence) : "Linear response theory for quasi-stationary states in long-range systems" · Udo Seifert (Univ. Stuttgart) : "Thermodynamic concepts and non-equilibrium steady states"

Renseignements pratiques :

1. En raison du caractère informel de la rencontre, aucun soutien financier n'est accordé. 2. Les langues recommandées sont le français et l'anglais. 3. Compte tenu de la durée très courte des communications, il s'agit surtout de présenter la nature du problème et les principaux résultats sans essayer de rentrer dans les détails que seuls des experts peuvent comprendre. 4. Une présentation au tableau noir ou en deux transparents maximum est recommandée. 5. Une réponse rapide est souhaitée. La date limite pour l'inscription est le 22 Janvier. 6. Le programme sera disponible à partir du 24 Janvier.

La conférence SYSTEMES ALEATOIRES INHOMOGENES aura lieu les mardi et mercredi 24 et 25 Janvier 2012 à l'Institut Henri Poincaré, à Paris. http://www.u-cergy.fr/lptm/inter

Les organisateurs sont :

François Dunlop, Thierry Gobron, Ellen Saada Fluctuation theorems : where do we go from here ? at ESPCI Jan 25, 2012 http://www.pct.espci.fr/ david/FR20...

Les organisateurs sont :

David Lacoste Fiche d'inscription aux Journées de Physique Statistique des 26 et 27 Janvier 2012 date limite : 17 Janvier 2012 Ce formulaire est à remplir de préférence sur le web. Son adresse est http://jstat.ethz.ch En cas d'impossibilité il peut être envoyé par courrier électronique à l'adresse jstat@ethz.ch ou par courrier postal à : Hans Herrmann Journées de Physique Statistique ETH Zurich, IfB Schafmattstrasse 6, HIF E 12 8093 Zürich SWITZERLAND

Poste de Professeur ENS - Physique fondamentale

2012-01-13T14:34:00Z

Poste de Professeur ENS
Libellé court : Physique fondamentale
Sections CNU : 28ème, 29ème, 30ème
Comité de sélection de 12 membres

Profil recherche :

Le département de physique de l'ENS recrute un professeur pour développer un projet original de physique fondamentale dans un des laboratoires du département. Les candidats devront avoir mené une recherche expérimentale et/ou théorique au meilleur niveau international, en lien avec la physique quantique ou la physique statistique. Les thèmes de recherche concernés vont de l'étude des constituants élémentaires de la matière à l'analyse des systèmes complexes fortement corrélés.

Profil enseignement :

La personne recrutée pourra enseigner à tous les niveaux (Formation Interuniversitaire de Physique, Agrégation, Master International). Elle devra s'impliquer dans le pilotage de l'enseignement du Département.

Poste de Maître de Conférence ENS - Physique statistique ou non-linéaire

2012-01-13T14:33:57Z

Poste de Maître de Conférence ENS
Libellé court : Physique statistique ou non-linéaire
Section CNU : 28eme
Comité de sélection de 12 membres

Profil recherche :

La physique statistique et la physique non-linéaire continuent leur fort développement. En physique non-linéaire, les recherches portent sur des problèmes tels que la turbulence dans les fluides classiques ou quantiques, l'effet dynamo (génération de champ magnétique par un écoulement turbulent) et leurs relations à l'astrophysique, la turbulence d'ondes (expériences sur les ondes interagissant de façon non-linéaire), l'acoustique des milieux complexes, ainsi que la mécanique, l'élasticité, la morphogénèse et les instabilités. En physique statistique, ils portent sur des problèmes divers, avec des aspects fondamentaux, comme les systèmes désordonnés, les fluctuations hors d'équilibre thermodynamique, l'étude de systèmes macroscopiques classiques et quantiques (superfluides, supersolides...) mais aussi avec des développements en physique computationnelle et des applications aux systèmes complexes (neurosciences, biophysique...). De nombreuses équipes du Département de Physique de l'ENS contribuent à l'essor de ces domaines de recherche au meilleur niveau international. Pour renforcer ces activités prioritaires, le Département souhaite recruter un jeune Maître de conférences, théoricien ou expérimentateur.

Profil enseignement :

La personne recrutée pourra intervenir dans tous les enseignements théoriques et expérimentaux dispensés au Département (Formation Interuniversitaire de Physique, Master international).

Vladimir ADRIEN

Frédéric Pincet — 2011-10-24T09:20:58Z

Linmao QIAN

Frédéric Pincet — 2011-09-23T14:08:38Z

- Linmao QIAN

Myriam REFFAY

Frédéric Pincet — 2011-09-23T14:06:08Z

- Myriam REFFAY

Charles BERGER

Frédéric Pincet — 2011-09-23T14:04:36Z

- Charles BERGER

Susana MORENO

Frédéric Pincet — 2011-09-23T14:04:23Z

- Susana MORENO