Pour afficher le contenu de deux fichiers avec des lignes
plot "toto.dat" with lines
replot "toto2.dat" with lines
ou encore (équivalent)
p "toto.dat" w l
rep "toto2.dat" w l
Une dernière possibilité est enfin
p "toto.dat" w l, "toto2.dat" w l

Pour utiliser des colonnes différentes dans le fichier, on peut utiliser "using"
plot "toto.dat" using 1:2 with lines
replot "toto.dat" using 1:3 with lines
ou encore (équivalent)
p "toto.dat" u 1:2 w l
rep "toto.dat" u 1:3 w l

On peut aussi spécifier une échelle logarithmique, ou semi-log
set log x
plot log(x)
set log y
plot x**2
set nolog
plot x

On peut également forcer les valeurs des axes x et y
plot [0:10][0:10] "toto.dat"

Pour avoir un carré, plutot qu'un rectangle, on peut utiliser
set size ratio 1
plot [0:10][0:10] "toto.dat"

Gnuplot connait l'algèbre! On peut par exemple écrire (le ** est la puissance):
plot [0:10] cos(x)
replot [0:10] cos(x)*sin(x)-3*x**2
et même manipuler les colonnes d'un fichier plot "toto.dat" u 1:($2)**2+($3)-($1)